Přímé spojení z Prahy na Šumavu nabízejí České dráhy. Vlak pojede z Prahy až do Nového Údolí na Prachaticku. Expresní vlak František Seidel zajistí spojení do turisticky atraktivní části Šumavy a navazující autobusové spojení do Pasova.
„Jsem velmi rád, že díky prodloužení expresu až do Nového Údolí bude fungovat spojení s bavorskou stranou. Zastávka Nové Údolí bezprostředně u hranice poblíž Haidmühle se tak stane od května místem průchodného železničního a autobusového spojení mezi Prahou a Pasovem,“ uvedl Michal Štěpán, člen představenstva Českých drah a dodal: „Na expresy budou navíc navazovat i linky ČD Šumava BUSů, takže si cestující můžou naplánovat cestu z Prahy a navštívit třeba barokní Holašovice zapsané na seznamu UNESCO nebo vyjet lanovkou na horu Kleť.“
Přímé spojení na Šumavu je prodloužením expresního vlaku Ex 531 / 532 Josef Seidel. Ten vyjíždí v 8:02 z Prahy hl.n., do Českých Budějovic přijíždí v 10:02 a do Českého Krumlova, kde dosud končil, v 10:50. Odtud bude vlak nově pokračovat až do Nového Údolí jako rychlík vyšší kvality (Rx) pojmenovaný po synovi Josefa Seidla Františkovi. Příjezd do Nového Údolí bude ve 12:16. Zpět z Nového Údolí vlak odjede ve 12:35, do Českého Krumlova přijede ve 14:00, do Českých Budějovic v 15:42 a do Prahy hl.n. v 16:57. Přímé expresy budou v době od 6. května do 4. června jezdit v sobotu a v neděli, v letní sezóně od 10. června do 17. září denně a od 23. září do 29. října opět v sobotu a v neděli.
Od prosince 2016 se výrazně změnilo spojení Prahy, Tábora a Českých Budějovic. Ministerstvo dopravy objednalo vedle tradičních rychlíků také devět párů expresních vlaků, které nabízejí historicky nejrychlejší spojení jihočeské metropole s hlavním městem. Doby jízdy mezi Prahou a Českými Budějovicemi se zkrátily na 1 hodinu 58 minut směrem na jih republiky, a na 2 hodiny a 4 minuty směrem do hlavního města. Spoje jsou rozložené do celého dne s tím, že v ranní špičce do Prahy a v odpolední špičce z Prahy jedou ve zkráceném intervalu 1 hodina. Čtyři páry expresů pokračují do Lince a jeden pár do Českého Krumlova, nyní tedy až do Nového Údolí.
Expresy nabízejí komfortní vozy a další doplňkové služby, například občerstvení formou roznášky, tzv. minibar. V jeho nabídce jsou teplé nápoje jako káva a čaj v ceně od 10 Kč, chlazené nápoje jako voda a slazené nápoje od 12 Kč, pivo od 25 Kč a drobné občerstvení jako jsou např. oplatky Horalky od 10 Kč nebo sladké a slané pečivo. Cestující v 1. třídě mají navíc bonusovou službu, která zahrnuje půllitrovou láhev vody a denní tisk.
Spoje Praha – České Budějovice patří k vyhledávaným také mezi cykloturisty. Proto České dráhy do vybraných vlaků zařadí speciální vůz pro uložení jízdních kol formou úschovy během přepravy. Cyklisté mohou využít celodenní síťovou jízdenku pro přepravu jízdního kola v ceně 99 Kč.
